日不落国: 如何从MS中导出原子坐标？

Material Studio是分子建模绝对的首选

建模之后需要导出原子坐标

才能继续用PWscf计算

首先，在MS中完成建模

然后用castep进行运算，参数随便，只要run一下就可以了，开始计算后马上把任务停掉

去硬盘上你的计算任务路径下的/Documents目录，在文件夹选项里设置“显示隐藏文件”,找到.cell文件，用记事本打开

打开后就可以看到原子坐标了。这里的坐标单位是晶胞长，坐标值是晶胞尺寸的分数。在PWscf中使用时要把单位改成{crystal}

C 0.5083724603389025 0.4948536598570661 0.3224282293666403

C 0.5083724603389025 0.4948536598570661 0.8224282293666402

O 0.1666666666666667 0.3333333333333333 0.1912999999999997

O 0.3333333333333333 0.1666666666666667 0.4412999999999997

O 0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.1912999999999997

O 0.8333333333333334 0.1666666666666669 0.4412999999999997

O 0.1666666666666667 0.8333333333333333 0.1912999999999997

O 0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.4412999999999997

O 0.6666666666666666 0.8333333333333334 0.1912999999999997

O 0.8333333333333334 0.6666666666666667 0.4412999999999997

O 0.1666666666666667 0.3333333333333333 0.6912999999999997

O 0.3333333333333333 0.1666666666666667 0.9412999999999998

O 0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.6912999999999997

O 0.8333333333333334 0.1666666666666669 0.9412999999999998

O 0.1666666666666667 0.8333333333333333 0.6912999999999997

O 0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.9412999999999998

O 0.6666666666666666 0.8333333333333334 0.6912999999999997

O 0.8333333333333334 0.6666666666666667 0.9412999999999998

Zn 0.1666666666666667 0.3333333333333333 0.0000000000000001

Zn 0.3333333333333333 0.1666666666666667 0.2500000000000000

Zn 0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.0000000000000001

Zn 0.8333333333333334 0.1666666666666669 0.2500000000000000

Zn 0.1666666666666667 0.8333333333333333 0.0000000000000001

Zn 0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.2500000000000000

Zn 0.6666666666666666 0.8333333333333334 0.0000000000000001

Zn 0.8333333333333334 0.6666666666666667 0.2500000000000000

Zn 0.1666666666666667 0.3333333333333333 0.5000000000000001

Zn 0.3333333333333333 0.1666666666666667 0.7500000000000000

Zn 0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.5000000000000001

Zn 0.8333333333333334 0.1666666666666669 0.7500000000000000

Zn 0.1666666666666667 0.8333333333333333 0.5000000000000001

Zn 0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.7500000000000000

Zn 0.6666666666666666 0.8333333333333334 0.5000000000000001

Zn 0.8333333333333334 0.6666666666666667 0.7500000000000000

PWscf输入文件原子坐标部分示例如下：

ATOMIC_POSITIONS {crystal}